[2021 KRIBB 특강] R을 이용한 생명데이터 분석
1
강의 개요
1.1
참고 교제
1.2
참고 자료
1.3
강의 계획
2
R/Rstudio basics
2.1
What is R / Rstudio
2.2
R / Rstudio Installation
2.2.1
R 설치
2.2.2
Rstudio 설치
2.3
Rstudio interface
2.3.1
Keyboard shortcuts
2.3.2
Exercise
2.3.3
Set a project
2.4
R programming
2.4.1
Console calculator
2.4.2
Exercise
2.4.3
Variables and values
2.4.4
Exercise
2.4.5
Functions
2.4.6
Exercise
2.5
Terminology
2.6
Supports
2.6.1
Help
2.6.2
Cheatsheet
2.7
R packages and Dataset
2.7.1
R packages
2.7.2
Data sets
3
Tidyverse for Data science
3.1
Tibble object type
3.2
Tidy data structure
3.3
Pivoting
3.3.1
Exercise
3.4
Separating and uniting
3.5
dplyr and pipe operator
3.5.1
Exercise
3.6
dplyr - Important functions
3.6.1
filter
3.6.2
arrange
3.6.3
select
3.6.4
mutate
3.6.5
summarise
3.6.6
join
3.7
Airquality example
3.7.1
Exercise
4
ggplot2 for data visualization
4.1
Basics
4.2
Bar graph
4.3
Line graph
4.4
Smoothing
4.5
Statstics and positions
4.6
Facets
4.6.1
Exercise
4.6.2
Exercise
4.7
Themes, Labels, and Scales
4.7.1
Exercise
4.8
ggplot examples
4.8.1
Violin plot
4.8.2
Bubble plot
4.8.3
Barplot with errorbars
4.8.4
horizontal barplot
4.8.5
Circular barplot
4.8.6
Stacked area chart
4.8.7
Density plot
4.8.8
Waffle chart
4.8.9
Marginal histogram
4.8.10
Density ridgeline plots
5
Day1 강의 정리
5.1
Class 1 - 기초, 사용법, 프로그래밍
5.1.1
목표
5.1.2
Rstudio
5.1.3
Rmarkdown 사용법
5.1.4
변수
5.1.5
함수
5.1.6
지역변수 광역변수
5.2
Class 2 - 데이터의 이해
5.2.1
목표
5.2.2
tibble
5.2.3
tidy data
5.3
class 3 - 데이터 형변환의 이해
5.3.1
목표
5.3.2
파이프오퍼레이터
5.3.3
dplyr 사용
5.3.4
예제
5.3.5
스크립트 활용
6
Bioconductor
6.1
Packages
6.1.1
Installation
6.2
Learning and support
6.3
Class, Object and Method
6.4
Bioconductor의 OOP
6.4.1
Exercise
7
Working with DNA sequences
7.1
Biostrings
7.1.1
DNAString
7.1.2
DNAStringSet
7.1.3
Exercise
7.1.4
Apply functions
7.1.5
XStringView
7.1.6
sequence read and write
7.1.7
Exercise
7.2
Sequences from NCBI
7.2.1
Exercise
7.3
Sequence statistics
7.3.1
Exercise
7.4
Align two sequences
8
Day2 강의 정리
8.1
Class 1 - ggplot 활용 1
8.1.1
목표
8.1.2
ggplot 문법
8.1.3
facet 사용법
8.2
Class 2 - ggplot 활용 2
8.2.1
목적
8.2.2
theme 사용
8.3
class 3 - S3 클래스 학습
8.3.1
목적
8.3.2
S3 클래스 이해
8.3.3
Biostrings 패키지
8.4
class 4 - Biostrings 활용
8.4.1
목적
9
Working with DNA sequences II
9.1
Sequences from NCBI
9.1.1
Exercise
9.2
Pattern matching
9.3
Align two sequences
9.4
Multiple sequence alignment
9.5
Phylogenetic trees with clustering
10
Genomic data analysis
10.1
IRanges
10.2
Genomic ranges
10.2.1
Exercise
10.3
ORFinder with Docker
10.3.1
Exercise
11
Day3 강의 정리
11.1
Class 1 - NCBI 서열 download
11.2
class 2 - sequence alignment
11.3
class 3 - genomic data with ranges
11.3.1
Exercise
11.4
class 4 - ORFfinder with docker
11.4.1
Exercise
12
Practice for review
13
BLAST on local machine
14
High-throughput genomic data
14.1
Sequence Read Archive
14.2
Gene expression omnibus (GEO)
14.3
SummarizedExperiment Class
15
Bioconductor Workflow (link)
16
Day4 강의 정리
16.1
class 1 - 학습내용리뷰
16.2
class 2 - docker based blast
16.3
class 3 - Blast 출력 분석
16.4
class 4 - Bioconductor workflow 리뷰
17
References
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2021 한국생명공학연구원 연구데이터 분석과정
Chapter 17
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