Chapter 12 Practice for review

  1. NC_000913.3은 미생물 연구에서 잘 알려진 Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 균주의 Reference sequence 입니다. 해당 지놈 서열의 fasta와 gb 형태의 포맷으로 rentrez 패키지를 사용해서 다운로드 하고 ecoli-k12.fasta, ecoli-k12.gb 파일로 각각 저장하시오. 참고로 genbank 포맷의 full version은 rettype= 옵션을 gbwithparts로 해야함.

  2. genbankr 패키지를 사용해서 ecoli-k12.gb 파일을 읽어들이고 Coding sequence 를 추출해서 ecolicds 라는 변수에 저장하시오

  3. plyranges패키지의 filter 함수를 이용해서 ompR 이라는 유전자가 있는지 찾으시오

  4. ecolicds에서 다음 12개의 TF에 대한 정보를 추출하시오

"araC" "sgrR" "leuO" "cra"  "mraZ" "pdhR" "cdaR" "rclR" "betI" "pdeL" "cynR" "lacI"
  1. NC_010572.1는 celR이라는 전사인자 단백질로서 cellulase 분해 유전자들의 발현을 제어함. 다음 서열을 celR.fasta 파일로 저장하고 Biostrings 패키지를 사용해서 읽어들이시오.
>NC_010572.1 celR Streptomyces griseus subsp.
ATGGCGGCATCGCGAGTACGGAACGGCGGGCGGCCCACGCTCGAAGAGGTCGCGGCACGGGCCGGGGTCG
GCCGGGGCACCGCCTCACGGGTCATCAACGGCTCGCCCCGGGTCAGCGACGCCACCCGGCAGGCCGTCGA
GGCGGCCGTCGCCGAACTGGGGTACGTCCCCAACCGCGCCGCCCGCGCCCTGGCGGGCAACCGCACCGAC
GCCATCGCGCTGGTGGTCCCCGAGCCGGAGACCCGCTTCTTCGCCGAGCCCTACTTCTCCGCCATAGTGC
GCGGTGTCGGGGCGGCCCTGGCCGACACCGAGATGCAGCTGCTCCTCACCCTCGTCGGCAACGACCGCGA
GCGCCGCAGGCTCGCCCAGTACCTCACCGCCCACCGCGTCGACGGGGTCCTCCTGGTCGCCGTGCACGCC
GATGACCCGCTGCCGGAGCTCCTGGAGCAGCTGGGCATGCCCTGCGTGATCAGCGGCGCCCGGCACGCGG
CCGAGACGCTGCCCTCGGTCGACTCCGACAACTTCGAGGGCGCGCGGGCCGCCGTGGAGCACCTGGTCTC
CCGGGGCCGCCGCCAGGTGGCCACCATCACCGGCCGCCTGGAGGTCTACGGCGCCCAGCGCCGCCTGGAC
GGCTACCGCGCCGCGGTCTCCGCCGCCGGCCTGGCCCCCGACGAGCGCCTGATCGCCCCGGCCGACTTCA
CCGAGGAGGGCGGCGCCCGGGCCATGCGCGACCTCCTGGCCCGCCGCCCCGGCCTCGACGCCGTCTTCGT
GGCCTCCGACGTGATGGCCGCGGGCGCCCGCCAGGTCCTGCGCGAGGCGGACCGCCGCATCCCCGAGGAC
GTGGCCCTGATCGGCTTCGACGACTCGGTGGTCGCCCGCCACATGCACCCGGCCCTCACCAGCGTCCGCC
AGCCCATCGAGGAGATGGGCCGCCGGATGGCCCAGCTCCTCCTGGACGAGATCGCGGGCCGGGCCCCGGG
CGACGAGCGCCCCTCGGTGGTCCTGCCCACGGAGCTGGTGGTCCGCGACTCGTCGTGA
  1. 앞서 ecoli의 전체 지놈 서열을 추출하고 ecoli 지놈에 celr 서열과 유사 서열이 있는지 Biostrings의 pairwiseAlignment 함수를 이용해서 탐색하시오